内蒙古自治区总工会成立于1949年5月。全区现有地级市总工会9个、盟工会3个、旗县(市区)工会103个。有6个自治区产业工会及自治区直属机关工会工委。其中，自治区教科文卫体工会、自治区建筑建材交通机冶工会、自治区财贸轻纺农牧林水工会、自治区国防邮电工会、自治区能源化学地质工会是驻会产业工会；呼铁局工会是会外产业工会。全区现有基层工会4.66万个，工会会员368.26万人。
自治区总工会设有12个部门、5个驻会产业工会、4个事业单位。
